CRH2-NG系列虽然对外观与内饰进行了大幅度更新，但并未对列车网络进行升级，使用的依然是源自CRH2的落后网络，不仅列车检修维护困难，还需要使用（日本进口的寿命约为5年的内置不可充电且无法更换电池的）有源NFC卡片写入包括列车车次数据、广播信息以及显示屏内容的列车运行数据，卡片寿命到期后需要更换，且部分列车因年代久远，相关车载装置也存在问题，另外该系统与列车网络深度绑定，通信协议落后，且使用光纤传输，更换系统较为困难，导致列车无法更换车次信息，部分列车只能长期固定交路，限制了列车运行范围。过分相时辅助变流器断电，空调、换气系统和空压机等会停止工作，重新启动时会发出额外的噪音。

备用制动也采用电制动（DC100V），当受电弓无法取电且蓄电池无电的情况下无法缓解制动，只能使用同型号同批次列车以固定方向救援（00车-01车），当使用不同型号动车组或机车救援时，只能全列手动缓解，限速5 km/h。