CR200J1-C在2020款CR200J1-B长编组的基础上调整编组和席位配比，取消高级软卧，以适应实际运营需求，同时采用全新涂装。对坐席布局进行优化，座椅间距加大，座车全部座椅改为可旋转。而卧铺车厢，走廊宽度的明显增加，而且两端靠近动力车的位置不可避免的噪音较大，因此将两端的车厢调整为二等座车，能够提升卧铺旅客的乘车体验，同时还优化了车厢照明设施。采用更先进的列车网络，动力车采用以太网控车技术，动力车的控制网络采用以太网和MVB网双网冗余控制，实现了双网热备，列车拥有智能化诊断技术，动力车有完整的故障诊断智能化系统，对全列关键系统及部件进行状态监测，在车载状态显示界面进行显示并同步回传至地面，指导和协助列车操作与故障诊断与处置。另外，6037号车采用微机控制制动，将制动信号通过列车网络进行传递，并可自动计算每节车厢所需的制动力，能够实现更优的制动效果。
2023年11月18日，首组列车CR200J1-C-6027（FXD1-J0272/0273）出厂，交付广州局集团。其中CR200J1-B长编组样车WY、WE和ZEC车的车体均改造为CR200J3-C，作为量产车交付。
编组调整
结合实际运用需求，部分列车编组重新将二等座调整至列车中部，2025年新车全部进行调整。
网络拓扑
整车的网络控制系统采用列车级网络（Ethernet Train Backbone, ETB）+车辆级网络（Ethernet Consist Network, ECN），列车级网络使用ETB贯穿全列，车辆级使用ECN星形连接各子系统设备，ETB网络和ECN网络带宽均达到100 Mbps。动力车控制车和餐吧车分别设置列车级以太网网关（ETHGW），形成3个编组节点，除餐吧车以外的拖车设置以太网中继器（Ethernet Repeater, EREP）用于放大信号，保证ETB总线数据长距离传输。每节车设置两个车辆级以太网交换机，形成双通道冗余结构，子系统采用基于TRDP协议的双网口冗余设计，每个网口连接到对应的网络通道中，其中重要子系统设备冗余。拖车增加制动控制单元，通过ETB实现与动力车/控制车的数据交互；将车电系统及行车安全系统整合为监控平台。所有与地面进行通信的设备均设置网络防火墙，以保证网络安全。网络控制系统采用动力车、拖车、控制车以太网一体化设计，统一了网络通信标准，实现快速组网，可以满足动力集中项目中动车拖车灵活编组的需求。
