CRH380A系列继承了CRH2系列诸多特征，同时很多缺点仍然存在，因CRH380A系列动力车多，且依然使用的是极其落后的ARCNET网络标准，监测列车运行状态的传感器数量不足，需要人工查找问题，检修十分困难，需要频繁人工检查，同时由于过度追求轻量化而导致车体结构强度严重不足，致使CRH380A系列早期修程较短，无法胜任较长交路运营，维护成本极高，是CRH380中成本最高的系列，后期更换部分配件后修程逐渐增长，部分运行条件较好的交路一级修里程已由早期的4000+400km/24h延长至6000+600km/48h，部分交路仍执行4000km/24h。另外，该车车内通风设施设计不合理，新风与废气容易串流，车内回风口设置于地面座椅下方，同时没有防护措施，车内尤其是卫生间内的污水或者污物有进入通风系统的概率，一旦进入就会发酵变质产生异味，且整个结构不利于清洁。

CRH2系列列车网络落后，不仅列车检修维护困难，而且包括后续的CRH380A、CRH2-NG以及早期的CRH6A，需要使用（日本进口的寿命约为5年的内置不可充电且无法更换电池的）有源NFC卡片写入包括列车车次数据、广播信息以及显示屏内容的列车运行数据，卡片寿命到期后需要更换，且部分列车因年代久远，相关车载装置也存在问题，导致列车无法更换车次信息，部分列车只能长期固定交路，限制了列车运行范围。另外该系统与列车网络深度绑定，通信协议落后，且使用非标准光纤传输，更换系统较为困难，暂无法升级更新。过分相时辅助变流器断电，空调、换气系统和空压机等会停止工作，重新启动时会发出额外的噪音。

备用制动也采用电制动（DC100V），当受电弓无法取电且蓄电池无电的情况下无法缓解制动，只能使用同型号同批次列车以固定方向救援（00车-01车），当使用不同型号动车组或机车救援时，只能全列手动缓解，限速5 km/h。