随着技术的发展，既有车载设备的体积、重量都能够得以优化，通过将车载设备模块化、小型化并将一部分设备置于车底，使车内更多空间能够用来布置坐席，能够在不牺牲舒适性的前提下，提高动车组载客量来缓解客流压力。
CR400AF-S结合CR400AF-Z的实际使用情况，通过优化调整车内空间，调整餐车布局，使载客量增加42人， 其中一等座增加4个，二等座增加38个。CR400AF-S除了对硬件系统进行升级外，还对牵引系统软件进行升级，采用tPower-TI3 (MU3/JP1)型牵引变流器，同步调制切换点由46 Hz/58 Hz/80 Hz/100 Hz调整为70 Hz/79 Hz/87 Hz/100 Hz，解决时速95~120 km/h时电机产生共振噪音。
CR400AF-S-2361搭载部分CR450装备，2024年11月16日起在往南珠高铁进行试验。
智能运维
智能运维系统的核心技术为PHM(故障预测与健康管理),依托工业互联网、数据融合、人工智能、5G等技术，搭建由车载系统、车地数据传输系统和地面系统组成的智能运维系统。
电机
YQ-625电机采用无机壳、刚性全悬挂结构、强迫风冷，由定、转子装配、轴承装配及附件装配等组成。N端端盖采用轻型铝合金材料，转轴采用高强度合金钢材料。电机额定功率625 kW，额定电压2750 V，额定电流155 A，额定转速4100 r/min，额定力矩1454 N.m，启动力矩：3100N.m，额定效率94%，功率因数≥0.87，绝缘等级200级（定子），重量735 kg。电机轻量化、大转矩、高功率密度，通过电磁、力学、温度等多物理场的耦合仿真，实现了牵引电机轻量化设计，提高了功率密度和转矩密度，最大输出转矩较CRH380AM动车组牵引电机提升30%，电机单位功率质量比达0.85。 低噪音设计，应用流体-结构耦合分析技术，优化通风结构，提高电机散热效率、降低通风噪声，电机具有冷却风量小、噪声低的特点。长周期轴承顺滑技术，优化设计了轴承结构，能延长检修周期，降低检修成本。绝缘结构耐候性技术，优化绕组槽口绝缘结构，解决风沙环境下电机绕组绝缘磨损问题，提高产品耐候性。在保证高速轴承可靠运行的条件下，通过优化轴承结构，可将牵引电机更换润滑油脂周期从60万公里提升至120万公里，有效提升牵引电机的免维护周期。
