CR200J1-B采用鼓形车身，车身加宽，同时编组调整，另有多项改进，且取消低站台停靠功能。列车设计编组20辆，2M18T，但样车未制造整组，仅制造5节样车进行试验，2021年03月07日，浦镇制造的4节列车，包括高级软卧车WG990105、一等卧WY990106、二等卧WE990107、二等座餐车ZEC990108抵达北京进行测试。
长编组实验车无配套的动力车，实验时暂与短编组动力车FXD1-J0201、FXD3-J0201共同测试，还有部分其他座位车混编入实验编组，实验时的编组为FXD1-J0201 / WE990107 / WY990106 / WG990105 / ZEC990108 / ZE220106 / ZE220105 / ZE220103 / ZE220102 / ZE220101 / ZE120106 / ZE120105 / ZE120103 / ZE120102 / ZE120101 / ZEC990104 / WG990101 / WY990102 / WE990103 / FXD3-J0201，后续又制造了一节布局不同的WG990110但未参与测试。列车未投入运营，WY、WE和ZEC车的车体均改造为CR200J1-C（疑编入6041），WG封存。
技术提升
第二代CR200J与上一代相比有诸多改进，车体结构大幅度优化，断面改为鼔型，车体材料升级为高耐候钢（Q350EWL1、Q350EWR1），相较原材料（Q345NQR2、Q310NQL2）强度和性能有一定提升，车厢宽度和坐席与CR300和CR400系列相同，由3105 mm加宽至3360 mm，坐席宽度也将大幅度加宽，为与CR300/400共用站台设施，车辆间距缩短到800mm。整车气密性强化，车体结构方面，车外采用满焊、车内采用满焊或段焊加密封胶，冷凝水集中收集和排放，给水卫生系统系统取消地漏，灰水管设置压力保护器，制动及电气管路通过孔采用专用密封胶密封。空调通风系统方面，头车设置压力波控制器安装接口，拖车及控制车空调机组增加气动压力波保护装置接口、预留带气动压力波保护装置的废排装置安装接口，风挡改为对波橄榄型双层折棚风挡，提高车体气密性。侧窗为单元式隔断热桥结构车窗，提高整车隔热性能，隔断热桥车窗接口与原-A型车窗安装接口相同，车窗内部结构进行优化调整。
其他方面，拖车空调机组原有一车两台的改为一台，车厢高度仍保持4433 mm，虽然车体宽度增加，但整体重量控制相较于第一代更优。座位数及布局与CR200J第一代保持不变，但坐席宽度有所增加且乘客使用的充电插座由坐席下部改为与CR300/400系列相同的位置，即二等座插座位于座椅接缝处下方，一等座位于中央扶手。通讯、重联连接器采用矩形连接器，同时所有连接器插接采用螺栓固定方式，DC600V使用2个矩形连接器，正负极分开。车门由电控气动改为电控电动塞拉门，取消低站台停靠功能，取消站台补偿器。
网络拓扑
采用两级总线，动车组网络控制系统的列车级通信采用WTB，动力车车辆级通信采用MVB总线和以太网。动力车车辆级ETH与安全监测系统ETH相互独立，并保留硬线安全环路和紧急牵引功能。动力车/控制车仍采用TCN（WTB+MVB）总线传输，控制信息采用WTB总线传输，车辆级网络采用MVB/ETH双网冗余结构，将拖车LonWorks网络升级为ETH，将动力车/控制车网络中的MVB/LonWorks网关升级为ETH/MVB+ETH网关，安全及监测信息采用ETH一体化设计，实现数据融合。
车辆电气监控系统由车辆电气监控单元、供电系统、电源装置、轴温、烟火、塞拉门、防滑器、车厢监控屏、车电信息集中单元、集中信息显示屏（位于ZEC）、以太网交换机和列车以太网等组成。车列的控制、监测与诊断系统可监视所有拖车的供电、空调、轴温、烟火、塞拉门、制动、转向架、防滑器等运行状态；并可控制所有拖车的供电、空调等工况。所有拖车的烟火、塞拉门、防滑、轴温、空调、供电信息通过车电信息集中单元传送至TCDS主机，行车安全监测系统由行车安全监测车厢级主机、行车安全监测列车级主机及集中信息显示屏（位于ZEC）、以太网交换机和列车以太网等组成。行车安全监测系统监控客车的制动、转向架、防滑器、停放制动等信息，车厢级主机发送单车信息至TCDS主机。TCDS主机将行车安全系统及车辆电气监控系统信息进行整合后，与控制车和动力车TCMS系统中MVB/ETH网关进行通信，并将信息发送给CMD系统，CMD系统通过无线通信方式与地面系统进行数据传输。五个安全环路分别是车门安全环路、制动安全环路、轴报安全环路、火灾报警安全环路以及停放制动安全环路，增加了停放制动安全环路，通过安全环路实现对列车的自动控制，所有安全环隔离信息均上传至安全监测网，统一显示。
电气系统
动车组DC600V供电系统采用动力车集中整流、拖车分散变流方式。系统主要由DC600V列供电源（安装于动力车）、车端连接器、DC600V/AC380V逆变电源(以下简称为逆变器）、DC600V/DC110V电源装置（以下简称为充电器）、电气综合控制柜、配电箱、蓄电池组、DC600V输配电电线电缆及用电负载等设备组成。短编组正常供电2路各200kW；一路故障情况下，另一路持续供电300kW，拖车执行减载工况。长编组和灵活编组正常供电2路各400kW；当一路出现单模块故障情况，该路输出300kW。当任意单模块或双模块出现故障时，根据动力车传输的供电故障信息和拖车负载情况，采取减载措施。
2022款继续优化升级
2022年出厂的列车进一步优化，对诸多细节进行完善。
增加压力波保护系统，CR200J-B动车组拖车、控制车空调机组预留压力保护装置接口，车内预留带压力保护装置的废排单元接口，控制车预留压力传感器接口。为改善列车交会、通过隧道引起的空气压力变化传入车内影响旅客乘坐舒适性，增压力保护装置优化方案，采用主被动结合的混合式压力保护控制，压力波保护阀在无电情况下处于关闭状态，电磁阀得电，压力保护波阀关闭；电磁阀失电，压力波保护阀打开。列车进入隧道前或会车时拖、控车接收公里标信号或压力波动信号后，压力保护波阀关闭；关闭10min后强制开阀60s，然后检测信号，如仍有压力波信号则关闭压力波保护阀。列车出隧道或会车结束后，拖、控车接收公里标信号或压力波动信号后，动车组根据车长和此时的车速计算延时时间，然后延时断开电磁阀、打开各车的压力波阀板，使新鲜空气能够进入车内。
对内风挡渡板的外露折页、螺钉、防滑条等进一步美化，同时外风挡间隙由300mm减至120mm，提升整列外观一体化程度，并降低旅客从车端连接处坠落的风险。优化空调机组蒸发腔盖板强度，最大可承载90 kg重量，以满足检修过程中需求。
取消轴报记录仪，轴报主机采集数据，将轴温数据通过既有串口发送给电气监控单元（VEMU），VEMU接收存储本车轴温数据并通过列车网络将数据发送给列车级电气监控单元。列车级电气监控单元VECU通过列车网络将数据发送给行车安全列车级主机、拖车综合安全监控屏，行车安全列车级主机接收存储全列轴温数据，可通过WLAN、USB等方式将数据传输至地面，列车综合安全监控/监测屏显示全列轴温数据、曲线。取消车内制动管风表、总风管风表，显著降低车辆运用的工作量。
另外还增加司机室、监控室集控控制各车DC110V供断电功能，避免DC110V通电、断电需要逐车操作。 才外，还增设关闭本车广播音频功能，增加火警视频联动功能，温水箱进水口前端增加球阀，优化开水炉面板纸杯架结构，优化洗面间下部检查门结构。
