共38组
自2012年CRH6系列首次面世，由不同厂家采用不同技术方案制造了多组样车，包括：四方CRH6A-4001、四方CRH6A-4002（三门）、四方CRH6F-4003、浦镇CRH6A-4501、浦镇CRH6A-4502（三门）、浦镇CRH6F-4503（国产牵引制动）、浦镇CRH6F-4504（西门子牵引克诺尔制动）、四方和江门合作CRH6A-4505、四方和浦镇合作CRH6A-4506、浦镇和江门合作CRH6A-4507、江门CRH6A-4508-4510、江门CRH6F-4511、江门CRH6A-4512，样车陆续在广珠城际、成灌、邕北、大西等众多线路进行了试验。
2020年03月，广东珠三角城际轨道交通采购原5组样车。其中：原样车CRH6A-4002更名为CRH6A-0478；原样车CRH6F-4003更名为CRH6F-0479；原样车CRH6A-4502更名为CRH6A-0649；原样车CRH6F-4503更名为CRH6F-0650；原样车CRH6F-4511更名为CRH6F-0651；五组车均使用CTCS3-300T + ATO。
截至2021年05月，除CRH6F-4504、CRH6A-4512之外，其余样车均已投入运营。
2016年03月30日，CRH6A投入莞惠城际铁路运营、广佛肇城际铁路（0401-0408、0601-0610）。
0401即四方原样车4001改号、0402即浦镇原样车4501改号、0403~0408即原4505~4510，其中0403为四方和江门合作、0404为四方和浦镇合作、0405为浦镇和江门合作制造。
运行于佛肇城际线和惠莞城际线的CRH6A均采用CTCS2 + ATO，可实现自动驾驶，其中0405号车使用CTCS2-200K，其他列车使用CTCS2-300T，与当前主流的CTCS-2级车载设备相比，CTCS2-300T车载设备还在安全性和可用性上进行了提升，优化了列控车载运行控制系统内部结构设计和外部与LKJ接口设计。
珠三角地区：2017年04月28日，4组广珠城际铁路新版本CRH6A正式上线运行（0414-0417）。
2018年01月12日，12组CRH6A投入广深城际线，为春运保驾护航（0611-0622）。（该车后续调至其他线路）。
河南城际铁路：2018年02月10日，郑州中原城市圈城际铁路（郑开线、郑焦线、新郑机场线等）逐步更换为8组CRH6A动车组（0422-0429），以替换CRH2A等干线动车组并实现公交化运营。
与佛肇和莞惠的版本相比，广珠及之后其他线路使用的CRH6A不支持ATO自动驾驶，使用CTCS2-200H/C，且支持LKJ2000，可以跨线运行于其他既有线路。
广珠及之后其他线路使用的CRH6A，内部构造与广佛肇和莞惠的CRH6A区别不大，但还是做了一些小改动，以适应较长交路的运营，列车在1车和8车的驾驶室后面，增加了机械师室，列车在4车和5车之间，在4车的端部增加了一个列车长监控室，列车在洗手间的对面，增加了工具柜。
2018年11月，珠三角城际轨道招标采购16列时速200公里CRH6A型城际动车组，中车广东轨道交通车辆有限公司中标（0624-0639）。
2019年04月，广珠城际延伸线招标9组CRH6A动车组，于2019年08月交付首列（0640-0643）。
2020年07月15日，由中车广东轨道交通车辆有限公司生产的广清城际、新白广城际首批CRH6A型动车组正式交付广东城际铁路运营有限公司。
珠三角城际铁路采购的25组，（实际制造20组，0624-0643）CRH6A也支持ATO，使用CTCS3-300T + ATO，其中在广清城际、广州东环城际以及珠海-珠海机场等线路均使用ATO。
