共27组
珠三角地区
2017年04月28日，4组广珠城际铁路新版本CRH6A正式上线运行（0414-0417）。
2018年01月12日，12组CRH6A投入广深城际线，为春运保驾护航（0611-0622）。
河南城际铁路
2018年02月10日，郑州中原城市圈城际铁路（郑开线、郑焦线、新郑机场线等）逐步更换为8组CRH6A动车组（0422-0429），替换CRH2A等干线动车组。
与佛肇和莞惠的版本相比，广珠及之后其他线路使用的CRH6A不支持ATO自动驾驶，而支持LKJ2000，可以跨线运行于其他既有线路。
广珠及之后其他线路使用的CRH6A，内部构造与广佛肇和莞惠的CRH6A区别不大，但还是做了一些小改动。
列车在1车和8车的驾驶室后面，增加了机械师室。
列车在4车和5车之间，在4车的端部增加了一个列车长监控室。
列车在洗手间的对面，增加了工具柜。
