共38组
2016年03月30日，CRH6A投入莞惠城际铁路运营、广佛肇城际铁路（0401-0408、0601-0610）。
0401即四方原样车4001改号、0402即浦镇原样车4501改号、0403~0408即原4505~4510改号，其中0403为四方和江门合作、0404为四方和浦镇合作、0405为浦镇和江门合作制造。
运行于佛肇城际线和惠莞城际线的CRH6A均采用CTCS2-300T + ATO，能够实现自动驾驶。
2018年11月，珠三角城际轨道招标采购16列时速200公里CRH6A型城际动车组，中车广东轨道交通车辆有限公司中标（0624-0639）。
2019年04月，广珠城际延伸线招标9组CRH6A动车组，于2019年08月交付首列（0640-0643）。
2020年07月15日，由中车广东轨道交通车辆有限公司生产的广清城际、新白广城际首批CRH6A型动车组正式交付广东城际铁路运营有限公司。
珠三角城际铁路采购的25组，（实际制造20组，0624-0643）CRH6A也支持ATO，使用CTCS3-300T + ATO，其中在广清城际、广州东环城际以及珠海-珠海机场等线路均使用ATO。
